Значительная часть расходов «Аполлона» ушла на строительство трех новых полигонов. Один был в Центре пилотируемых космических кораблей в Хьюстоне, позже переименованном в Космический центр имени Линдона Джонсона. Этот Центр отвечал за разработку космического корабля «Аполлон» (помимо своей роли в подготовке астронавтов и управлении полетами). Наземные испытания огромных ракет «Сатурн» для «Аполлона» потребовали сооружения испытательного полигона на Миссисипи (позже переименованного в Космический центр имени Джона Стенниса) на большом рукаве в дельте реки. Наконец, НАСА усовершенствовало громадный космодром на острове Мерритт, примыкающий к стартовым площадкам военно-воздушных сил на мысе Канаверал, включая площадки для запуска ракеты на Луну и монтажный корпус для сборки ее компонентов.

Уэбб и его помощники координировали многочисленные ведомства, выполняющие программы НАСА в Вашингтоне и в полевых условиях. Очень важны были дружеские отношения с Белым домом и Конгрессом, на их поддержание уходило очень много времени и сил. Также приходилось поддерживать отношения с другими федеральными ведомствами и научными сферами, где не всегда соглашались с политикой НАСА. Отдельно от участников программы, располагавшихся в основном в районе Вашингтона, стояли генеральные подрядчики и тысячи их субподрядчиков. Требовалось, чтобы все участники эффективно сотрудничали с НАСА и друг с другом. Самые осязаемые проявления программы «Аполлон» — лунные ракеты и астронавты — были, таким образом, лишь частью сложной схемы.

Уэбб и его старший руководящий персонал старались не выбиваться из графика реализации программы «Аполлон». Осенью 1963 года Джордж Мюллер, вновь назначенный помощник руководителя НАСА по пилотируемым космическим полетам, попросил свой персонал оценить вероятность, что вся программа уложится в десятилетний срок. Изучив различные темы работы НАСА, включая идущий с перебоями и значительно отстающий от графика проект непилотируемого исследования Луны «Рэйнджер», они пришли к заключению, что шансы составляют лишь один к десяти. Мюллер, имея научную степень в области физики и годы личного опыта в области разработки баллистических ракет, понимал, что необходимы новые методы, которые помогут значительно ускорить разработку программы и избежать отставания в ее реализации. Свое решение он объявил в меморандуме в ноябре 1963 года, где требовал сократить всю испытательную программу «Сатурн», отказавшись от постепенно нарастающего испытания в пользу альтернативного «комплексного» подхода. Это означало, что могучая лунная ракета «Сатурн-5» совершит свой первый полет со всеми тремя своими ступенями «вживую», без предварительного испытания каждой ступени в отдельности.

Сначала фон Браун и его команда не соглашались с Мюллером, когда он в 1964 году пришел в Хантсвилл, чтобы представить свою новую философию